Siendo ya un reconocido artista en Japón, Kon emprende el reto de dirigir su ópera prima. Para ello, decide adaptar la novela Perfect Blue de Yoshikazu Takeuchi. En un inicio, es un relato policiaco con cierta complejidad, pero Satoshi Kon junto con Sadayuki Murai deciden trasformarlo en un thriller psicológico que cuente con los característicos elementos psicóticos usados por Kon. Estos cambios en la historia son aceptados pero con la condición de mantener algunos elementos clave; como el stalker de Mima y las pop idols.
Ya con todas las libertades que tiene como director, puede explorar de manera más cruda los complejos universos del subconsciente de sus personajes. En este caso, nos encontramos frente a la historia de Mima, una pop idol japonesa que debido al poco éxito de su banda “Cham”, decide incursionar en la actuación. Este hecho empieza a generar molestias entre sus más fieles seguidores, entre estos ella misma (su subconsciente). En este punto conflictivo, la protagonista, en su ser consciente, expresa dos entidades de su subconsciente (instancias fundamentales Freudianas), proyectadas en dos personajes, que se confunden entre las difusas líneas de la ficción y la realidad.
Aquí nuevamente, como suele suceder con Satoshi Kon, se nos presenta una multiplicidad de relatos dentro de uno solo (la metanarrativa) y el Trompe-l’œil. Mima es actriz dentro de una serie en la que interpreta a una chica que luego de una violación presenta un desorden de identidad desasociada y cree ser una actriz (reiteradamente un complejo juego narrativo) para aplacar los traumas. Todo esto ocurre mientras en el set de grabación hay asesinatos “reales” (para este momento la realidad ya es difusa). Es en este preciso punto en el que nuevamente y gracias al asombroso manejo del montaje, Kon hace que el espectador pierda totalmente la brújula de la realidad dentro del relato. El espectador sufre ahora de las mismas dudas psicóticas de Mima y se encuentra en un laberinto onírico con las continuas y punzantes expresiones (ahora tangibles) de su subconsciente en conflicto. Este nivel de complejidad en la narración ha hecho que varios críticos cataloguen a Perfect Blue como la mezcla entre la fantasía del animé y Alfred Hitchcock.
Gracias a la colaboración de Katsuhiro Otomo como asesor de producción, encargándose de la distribución internacional de la película, esta obtuvo la difusión necesaria a nivel mundial y se convirtió en referente para directores como Christopher Nolan y Darren Aronofsky. Este último incluso compró derechos para una posible adaptación de Perfect Blue en live-action. Aronofsky tomó mucho del trabajo de Kon, copiando inclusive escenas completas de Perfect Blue en Requiem For a Dream (2000). Además,usó mucho de la premisa dramática, la estética, atmósfera, intención e incluso partes de la misma Perfect Blue en la película Black Swan (2010). Pese al obvio parecido entre las producciones, Aronofsky no supo reconocer el crédito de Satoshi Kon, sino hasta su muerte en la que le dedicó una elegía.